Do zakresu zadań Wojewódzkiego Inspektoratu Farmaceutycznego w Bydgoszczy należy w szczególności:

1. kontrolowanie warunków transportu, przeładunku i przechowywania produktów leczniczych i wyrobów medycznych;
2. sprawowanie nadzoru nad jakością i obrotem produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi;
3.      kontrolowanie aptek, punktów aptecznych, działów farmacji i innych jednostek prowadzących obrót detaliczny produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi;
4. kontrolowanie stacji sanitarno-epidemiologicznych w zakresie wymagań jakościowych oraz przechowywania i przekazywania szczepionek zgodnie z procedurami Dobrej Praktyki Dystrybucyjnej;
5. kontrolowanie  jakości leków recepturowych i aptecznych sporządzanych w aptekach;
6. kontrolowanie właściwego oznakowania produktów leczniczych i wyrobów medycznych;
7. kontrolowanie obrotu środkami odurzającymi, substancjami psychotropowymi i prekursorami kategorii 1;
8. współpraca ze specjalistycznym zespołem konsultantów do spraw farmacji;

9. opiniowanie przydatności lokalu przeznaczonego na aptekę, punkt apteczny oraz placówkę obrotu pozaaptecznego;
10. wydawanie opinii dotyczących aptek, w których może być odbywany staż;
11. wydawanie zgód na posiadanie i stosowanie w celach medycznych produktów leczniczych zawierających w swoim składzie środki odurzające lub substancje psychotropowe dla lekarzy medycyny i lekarzy weterynarii oraz zakładów opieki zdrowotnej;
12. wydawanie zgód na posiadanie i stosowanie środków odurzających i substancji psychotropowych w celu prowadzenia badań klinicznych;
13. wydawanie zezwoleń na stosowanie w celu prowadzenia badań naukowych środków odurzających, substancji psychotropowych lub prekursorów kategorii 1;
14. kontrolowanie reklamy aptek i punktów aptecznych oraz ich działalności;
15. monitorowanie obrotu produktami leczniczymi;
16. współpraca z samorządem aptekarskim i innymi samorządami;
17. prowadzenie rejestru zezwoleń na prowadzenie aptek ogólnodostępnych, punktów aptecznych oraz rejestru udzielonych zezwoleń na prowadzenie aptek szpitalnych, zakładowych i działów farmacji szpitalnej;
18. prowadzenie ewidencji placówek obrotu pozaaptecznego.