Do zakresu zadań Wojewódzkiego Inspektoratu Farmaceutycznego w Bydgoszczy należy w szczególności:

1.      kontrolowanie warunków transportu, przeładunku i przechowywania produktów leczniczych i wyrobów medycznych;

2.      sprawowanie nadzoru nad jakością i obrotem produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi;

3.      kontrolowanie aptek, punktów aptecznych, działów farmacji i innych jednostek prowadzących obrót detaliczny produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi;

4.      kontrolowanie stacji sanitarno-epidemiologicznych w zakresie wymagań jakościowych oraz przechowywania i przekazywania szczepionek zgodnie z procedurami Dobrej Praktyki Dystrybucyjnej;

5.      kontrolowanie  jakości leków recepturowych i aptecznych sporządzanych w aptekach;

6.      kontrolowanie właściwego oznakowania produktów leczniczych i wyrobów medycznych;

7.      kontrolowanie obrotu środkami odurzającymi, substancjami psychotropowymi                            i prekursorami kategorii 1;

8.      współpraca ze specjalistycznym zespołem konsultantów do spraw farmacji;

9.      opiniowanie przydatności lokalu przeznaczonego na aptekę, punkt apteczny oraz placówkę obrotu pozaaptecznego;

10.  wydawanie opinii dotyczących aptek, w których może być odbywany staż;

11.  wydawanie zgód na posiadanie i stosowanie w celach medycznych produktów leczniczych zawierających w swoim składzie środki odurzające lub substancje psychotropowe dla lekarzy medycyny i lekarzy weterynarii oraz zakładów opieki zdrowotnej;

12.  wydawanie zgód na posiadanie i stosowanie środków odurzających i substancji psychotropowych w celu prowadzenia badań klinicznych;

13.  wydawanie zezwoleń na stosowanie w celu prowadzenia badań naukowych środków odurzających, substancji psychotropowych lub prekursorów kategorii 1;

14.  kontrolowanie reklamy aptek i punktów aptecznych oraz ich działalności;

15.  monitorowanie obrotu produktami leczniczymi;

16.  współpraca z samorządem aptekarskim i innymi samorządami;

17.  prowadzenie rejestru zezwoleń na prowadzenie aptek ogólnodostępnych, punktów aptecznych oraz rejestru udzielonych zezwoleń na prowadzenie aptek szpitalnych, zakładowych i działów farmacji szpitalnej;

18.  prowadzenie ewidencji placówek obrotu pozaaptecznego.