Kierownikiem Inspektoratu jest Wojewódzki Inspektor, którego powołuje i odwołuje Wojewoda za zgodą Głównego Inspektora.

Wojewódzki Inspektor wykonuje swoje zadania poprzez Inspektorat w skład którego wchodzą:

1) Komórka Kontroli Nad Obrotem i Jakością Produktów Leczniczych oraz Wyrobów Medycznych;

2) Komórka Administracji;

3) Główny Księgowy;
4) Biuro Obsługi Prawnej;
5) Delegatury w Toruniu i Włocławku.