Kierownikiem Inspektoratu jest Wojewódzki Inspektor, którego powołuje i odwołuje Wojewoda za zgodą Głównego Inspektora.
 
Wojewódzki Inspektor wykonuje swoje zadania poprzez Inspektorat w skład którego wchodzą:

 

1) Komórka Kontroli Nad Obrotem i Jakością Produktów Leczniczych oraz Wyrobów Medycznych;

2) Komórka Administracji;


3) Główny Księgowy;

4) Biuro Obsługi Prawnej;

5) Delegatury w Toruniu i Włocławku.